Pernotrans Oy perustettiin 1980-luvun lopussa jatkamaan Wärtsilä Meriteollisuus Oy:n kuljetusosaston toimintaa Turussa. Silloin Pernotrans Oy jatkoi telakan oman kuljetusosaston toimia trukki- sekä autokuljetusten osalta.
Vuonna 2003 liitettiin yrityksen toimintaan myös ns. varustelun haalaus- ja nostohenkilöstö työnjohtoineen.
Vuonna 2011 Pernotrans osti Rakennuskuljetus Suomi Oy:n.
Pernotrans on vuosina 2001-2015 ollut osa turkulaista Meriaura Group-konsernia. Vuoden 2015 alussa yritys siirtyi uuteen omistukseen yrityskaupan yhteydessä. Pernotrans Oy:n uudet omistajat ovat toimitusjohtaja Mika Suomalainen ja hänen veljensä Jari Suomalainen.
Pernotrans tarjoaa useita logistiikkapalveluita eteläisen Suomen alueella ja työllistää yli 150 työntekijää.